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はい、拒否することができます。
本来敷金とは賃貸借契約に定められた原状回復などの賃借人の債務を担保するために差し入れられた費用であり、原則として滞納賃料を敷金から充当するのは契約終了時以降となります。賃貸物件が賃借人から明け渡されるまで、賃借人側から充当を請求する権利はありません。